听完了孙承宗的说法，朱由检在心中又细细的考量了一番，最终下了决心说道：“那就这样定了，总参谋部以加急的形式向西南都督府下达这项命令，并让西南都督府做好战没者遗属的抚恤工作。

    另外派出一部分培训好的军医，在永宁、重庆设立军医学院，救治战场上受伤的军士和在当地推行牛痘接种，预防天花。”

    看到崇祯下了决心，事情已经变成了定案，黄立极也有些无可奈何，他不得不为朱燮元争取最后的权力，“那么朱燮元提出的作战方略，总参谋部是不是也发文给西南都督府，让其遵照执行？”

    孙承宗还没有说话，朱由检已经拦在了他前面对着黄立极说道：“朱总督提出的作战方略很好，但是总督原本就有领导西南都督府的职权，朕觉得没必要再通过总参谋部去督促执行，除非西南都督府不愿意接受朱总督的命令，这个时候总参谋部才有介入的必要。

    朕不希望内阁或是总参谋部干涉，朱总督或是西南都督府正常行使自己的职权，同样朕也不希望朱总督越过西南都督府去指挥下面的军事机构，这对双方都没有什么好处。

    当然有一点，总参谋部和内阁还是可以通知他们的，朝廷希望他们之间建立一个快捷稳定的通讯渠道，不要各行其事，从而让叛军找到了破绽。

    此外，西南都督府原本无权指挥云南军队，但是此次平乱战争既然调动了云南军队，那么凡是参战的云南军队就必须服从于西南都督府的领导。”

    虽然没有得到预期的要求，但黄立极还是得到了符合底线以上的结果，再次明确了总督领导西南都督府的政治序列，也就勉强接受崇祯的决定离去了。

    待黄立极离去之后，朱由检叫住了孙承宗说道：“总参谋部这次派人下去改组西南都督府，朕会特别调拨50万元作为改组的经费。

    另外再从军器监调拨12斤以下的轻便火炮若干，*若干，增强西南都督府新建步兵旅的军事力量。还有，调拨一部分*制作工匠，在重庆设立*工坊研制*，以作为西南都督府日常消耗之用。”

    孙承宗对着崇祯点了点头说道：“臣也正打算向陛下申请一些经费，既然陛下已经考虑到了，那么西南之事必然不足为患了。

    不过臣还有一事想要向陛下进谏，就算是击败了奢安两家土司，也并不代表西南就会平安无事了。自奢崇明、安邦彦叛乱以来，西南各省都有土司响应，臣以为这不是偶然之事。

    而是我大明过去在西南地方的治理上出现了问题，所以这些土人与我汉人矛盾日积月累之下，都在近时爆发了出来。

    正如陛下所言，播州土司叛乱之后有奢安之乱，奢安之乱之后又该轮到那家土司叛乱了呢？以朱燮元提出的作战方略，臣以为奢安叛军的时日已经无多了。

    但是接下去，朝廷应当如何治理这些投降的叛乱土司，以为后来者戒，方才是重中之重。否则西南叛乱此起彼伏，就算朝廷每次都能镇压下去，恐怕也要耗尽国力了。”

    朱由检沉默了下去，他知道孙承宗为什么说这番话。说到底，这位儒家出身的士大夫还是不赞同，他以同样铁血的手段对叛乱土司进行报复。孙承宗还是担心，过度的杀戮会引起西南各家土司的恐慌，从而使得明军在西南地区失去某些原本心向朝廷的土司的支持。

    这些土司在当地数百上千年的统治中，早就结成了一张非常庞大的姻亲关系络。你一刀砍下去，都不知道会砍到谁的父亲、母亲、侄子外甥、叔伯兄弟身上。

    更何况汉人居住在平原地区，这些少数民族大多居住在山林之中，也许他们打不过明军的正规部队，但是却能够不断的骚扰汉人的定居点，一旦汉人在当地待不下去了，明军也就失去了可靠的兵源和物资来源。

    如果是王朝的强盛时期，凭借着中原王朝源源不绝的物资生产能力，同这些少数民族僵持上数十年，也能生生把他们耗死。但是对于现在的大明来说，恐怕先倒下的反而是大明王朝自己。

    朱由检想了许久，终于下了一个一直犹豫不决的决定，他抬头对着孙承宗说道：“朕以为，就趁着这个机会，对于贵州、四川、云南三地实施全面的义务兵役制，凡是每个年满18岁的健康男性青年都必须进入军队服役5年。

    此外，以上三地要建立村、乡、县三级民兵组织