但是在这一种前提下，“夏商周断代工程”收获的更多是质疑声音：

    自从夏商周断代工程正式公布《夏商周断代工程一九九六—二〇〇〇年阶段成果报告（简本）》和《夏商周年表》以后，其中结论已被不少主流的词典和教材采用，开始产生影响。

    在中国提出了自己的标准后，国外学者开始加以批评。而夏商周断代工程才刚刚开始，中国的考古技术和理论水平还有待更大的提高。从夏商周断代工程正式公布《夏商周年表》以后，来自中国国内和国际的批评不绝于耳。某些国外人士认为夏商周断代工程有“政治背景”，是中国政府在搞民族主义，有一些学者还对该工程的“学术道德”产生怀疑。

    在2000～2003年进行了三次辩论。斯坦福大学退休教授倪德卫在《纽约时报》上撰文，便断言“国际学术界将把工程报告撕成碎片”。但亦有人认为所谓的“国际学术界”一贯漠视中国本土研究成果，对中国历史没有发言权。也有人说既然西方社会能把荷马史诗这种伊洛特战争发生八百年以后的盲人艺人作品当正史，质疑中国用科学方法计算的断代史就是骨头里挑刺。

    在这方面而言，国外学界经常会把诸如荷马史诗和圣经这类艺术作品和虚幻的宗教教义当成信史，张嘉师不得不表示这种质疑明显就是“你好意思说我么？”的情况。

    但是在断代史工程的内部人员也有很大的争论，甚至是有些让人可笑的想法：

    工程的成果是否失败，如今还没有强有力的论据证明。工程中有些成果也被国际学术界认可，例如张培瑜的研究，但工程内部却是存在争论。有些背景复杂的中国学者认为，此类工程的成果没有必要非得通过世界上各种具有“复杂背景”的学者的检验，只要在中国学术界取得共识就行，中国学者对历史的研究无需外人指三道四，也不能被有各种目的的势力阻挠。

    在“东亚历史”期刊（）上，发表文章质疑周懿王元年天再旦是公元前899年。文章中对于工程研究方法中的错误提出了具体质疑。文中提到：

    “一些最近的研究计划，包括被中国******接受的研究计划（指夏商周断代工程），依据的是一个在公元前一千纪早期的“天再旦”的记载。这些研究把这个奇特的记载解读成日出时的日偏食。这样的解读看起来似乎合理（黎明要开始之际，天色因为日食而暗下来，然后再日出），但却是不确定的。日出时把太阳表面遮住的部分大到可以让天色大幅变暗的日食是很少的。在公元前899年4月21日的确是有一次日出时日食，而这些研究计划把这个日食对应到该奇特的记载（指周懿王元年天再旦）。”

    “计算显示，公元前899年的那次日食把主观亮度（人类观察者所感受到的亮度）减低的程度小于25。为了证明这样的亮度减少可以给观察者有“确定的天再旦”的感觉，一些研究者对观察了1997年日出时日偏食的观察者进行了调查。然而，所有的观察者所在的位置要不就是位于亮度减低不到10的地方（这些地方的观察者没有“天再旦”的感觉），要不就是位于亮度减低超过80的地方（这些地方有（指天再旦的感觉））。从这些数据，研究者作出结论，“主观亮度减少超过10会造成“确定的天再旦”的感觉”。这个结论根本毫无根据。实际上，飘过的云常常可以造成主观亮度减少25……”

    另外，该文也质疑了对于该次日食的计算的正确性。

    此外在这一方面，有人依据《日食路线图》作了调查，发现在前899年4月21日早晨的日食，日食带西端在山东省，陕西省是根本就不可能看到天再旦的。而在前871年10月6日早晨，在郑地可看到天再旦的天文景象。

    好吧，张嘉师不得不表示，用后世的情况来作为这方面的佐证方式……就好比是用几千年之后的地貌变化来推算古战场的情况那样，不是闲的蛋疼么？

    另外：《考古》杂志2007年3月发表了朱凤瀚的文章《尧公簋与唐伯侯于晋》，介绍了香港地区私人收藏的西周青铜器尧公簋，其铭文有“唐伯侯于晋唯王廿又八祀”的内容。

    铭文如下：“（尧）公作妻姚簋，遘于王命唐伯侯于晋，唯王廿又八祀。”

    从簋的形制与铭文字形特点来看，该器的成器时间似不会晚于西周早期中段;。那么，“王命